Op 7 november kozen het nieuwe Russisch Grootprioraat alsmede de vele andere ridders die naar St. Peterburg waren gevlucht, de Tsaar tot Grootmeester. Dit was uiteraard geheel in strijd met de constitutie van de Orde, daar een gehuwde niet-katholiek nooit Grootmeester kan zijn; bovendien abdiceerde Von Hompesch pas op 6 juli 1799 onder druk van de keizer van Oostenrijk. Op 10 december 1798 stelde Paul I een 2e Russisch Grootprioraat in voor de orthodoxe adel van zijn land. De Orde leek geheel in Russische handen te zijn geraakt en de *de facto* Grootmeester maakte aanspraken op Malta. Echter in september 1800 veroverden niet de Russen, maar de Engelsen Malta op de Fransen en de Tsaar werd in de nacht op 24 maart 1801 in St. Petersburg vermoord.

Het *de facto* Grootmeesterschap kwam daarmee aan zijn einde, want de opvolgende zoon, Alexander I, wilde slechts beschermheer zijn en drong er op aan dat de Orde zich ten snelste een nieuwe Grootmeester zou verwerven. Het kiescollege kon in die oorlogstijd niet bijeen komen en dus zou Paus Pius VII iemand aanwijzen; Ruspoli weigerde, maar Tommasi nam het in 1803 aan. Hij vestigde zich in Catania en werd door alle betrokkenen als soeverein erkend. Zo had Paul I, zonder het te bedoelen, de Orde door uiterst kritieke 5 jaren geloodst; thans was zij terug in een constitutioneel normale toestand. Grootmeester Tommasi kon echter niet voorkomen dat de nieuwe Tsaar in 1810/11 alle organen van de Orde in Rusland ontbond en de beide Grootprioraten ophief.

Van het orthodoxe bleef wel een echo over: eind mei 1819 werd voor de laatste maal een orthodoxe Rus, Prins Galitzin tot de Orde toegelaten. Heden ten dage wordt voor niet-katholieken slechts in geval van vorstelijke personen en hun familieleden de nodige een uitzondering gemaakt. Daarbij komt dat ons tegenwoordige Koninklijk Huis afstamt van Tsaar Paul I via diens dochter Anna Paulowna, gemalin van koning Willem II. Aldus werden in 1911 lid van de Orde Koningin Wilhelmina (Dame Grootkruis van Eer en Devotie) en Prins Hendrik (Baljuw, Grootkruis Eer en Devotie). Zo is in 1960 Prinses Beatrix geadmitteerd als Dame Grootkruis van Eer en Devotie; zij is als Koningin beëdigd en ingehuldigd op 30 april 1980.

De Napoleontische oorlogsjaren zouden het dieptepunt brengen voor de Orde: alle structuren en bezittingen gingen verloren, alleen het Grootprioraat Bohemen bleef bestaan. Na de dood van Tommasi in 1805 traden tot 1879 geen Grootmeesters meer op, doch Plaatsvervangers van het Grootmagistraat. Aangezien het Wener Congres in 1815 Malta definitief aan de Engelsen liet, verplaatste de leiding van de Orde zich van Catania naar Ferrera in 1821 en in 1834 definitief naar Rome. Pas de 7e plaatsvervanger, Johann Baptist Ceschi a Santa Croce, die in 1872 was aangetreden, werd in 1879 door Paus Leo XIII een jaar na diens verkiezing weer als Grootmeester met de rang van kardinaal erkend; hij bestuurde de Orde tot 1905. In de loop van de 19e eeuw zijn enkele bezittingen aan de Orde teruggegeven en werden Prioraten heropgericht of opnieuw ingedeeld, vooral in Italië en Oostenrijk, maar de uitsluitende Prioraatstructuur keerde niet terug; de Nationale Associaties zoals wij die thans in grote meerderheid kennen, deden hun intrede van 1859 af.