In de zomer van 1801 vaardigde de Soevereine Raad een besluit uit betreffende de verkiezing van een nieuwe Grootmeester, "teneinde zodra mogelijk de Orde haar oorspronkelijke constitutie terug te geven". De Raad vervolgde met te stellen dat een Generaal kapittel onmogelijk bijeen kon komen gezien de omstandigheden en dat derhalve een andere verkiezingsprocedure werd voorgesteld om de Orde toch snel een nieuw Hoofd te geven, dat bij gelegenheid het eiland Malta weer in bezit zou kunnen nemen. De Grootpriors werd opgedragen onmiddellijk hun kapittels bijeen te roepen en aan de Raad vervolgens opgave te doen van diegenen der geprofeste ridders die men aldaar het geschiktste achtte voor het Grootmeesterschap. De Raad zou op grond van de binnengekomen gegevens een lijst samenstellen van kandidaten en deze aan de Paus zenden aan wie verzocht zou worden, in zijn kwaliteit van hoofd van alle geestelijke orden één der kandidaten als Grootmeester aan te wijzen, waarbij werd aangetekend dat dit een éénmalige procedure was die de rechten en privileges van de Orde onaangetast liet. Van zijn kant verklaarde het Russische Hof op geen enkele wijze de vrijheid der stemmingen te zullen beïnvloeden. Onderstreept zij dat de Soevereine Raad duidelijk en oprecht een terugkeer naar de legaliteit wilde: 13 leden kwamen alle voort uit de twee Russische Grootprioraten, waar men geen enkele geprofeste ridder vond,; onder deze 13 waren slechts 2 katholieken, beiden leken. De stemmen van de genoemde prioraten voor kandidaten voor het Grootmeesterschap zouden dan ook volgens de Raad moeten worden uitgebracht op ridders die niet tot een van deze Grootprioraten behoorden; de 13 gaven daarmede op directe wijze toe dat geen hunner zich kon kwalificeren voor kandidaat-Grootmeester en op indirecte wijze, dat zij volgens de constitutie van de Orde hoogstens als 'de facto' Soevereine Raad konden worden aangemerkt; een soort interim regering, wel een geheel andere houding dan onder het bewind van Paul I.

Het behoeft geen betoog dat de Heilige Stoel de 13 niet als Soevereine Raad erkende met als gevolg dat een lijst van kandidaten voor het Grootmeesterschap niet kon worden aanvaard uit handen van dit gezelschap. De oplossing was dat alle Grootprioraten hun stemmen rechtstreeks aan de Paus zonden. Desalniettemin bleef het gehele plan een Russisch bedenksel, dat Paus Pius VII aarzelde te aanvaarden, omdat daaruit toch een erkenning kon worden geconstrueerd. Inmiddels bepaalde de vrede van Amiëns op 25 maart 1802 dat Malta aan de Orde zou moeten worden teruggegeven en dat het Generaal Kapittel aldaar een Grootmeester zou kiezen. Onder Russische diplomatieke druk aanvaardden Frankrijk en Engeland evenwel een plan uit Petersburg: de pauselijke keuze uit de kandidaten van de prioraten. De Heilige Stoel kon zich daarop aansluiten bij het Franse en Engelse standpunt.

Voordat het zover was had Tsaar Alexander zich echter danig opgewonden over het getalm van de Paus. Half maart 1802 hadden de Russische Grootprioraten hun keuze bepaald (de baljuw Tommasi 23 stemmen, 3 anderen 5, 3, en 2 stemmen) en voordat dit resultaat naar Rome kon worden gestuurd was het verdrag van Amiëns opgesteld. De Tsaar wilde echter vóór de ondertekening een beslissing van Pius VII en toen hij vernam dat de pauselijke nuntius aan zijn Hof op de terugweg van Rome Naar Petersburg, te Wenen was aangekomen, liet hij de Paus weten dat hij zijn vertegenwoordiger niet zou toelaten aan het Hof dan nadat Zijne Heiligheid de abdicatie van Von Hompesch zou hebben geratificeerd, alle bestuursdaden van Grootmeester Paul zou hebben erkend en een nieuwe Grootmeester zou hebben gekozen uit de voorgelegde kandidaten. Inmiddels hadden de Grootprioraten van Duitsland, Beieren, Bohemen, Portugal, Sicilië en Venetië hun stemmen aan de Paus gezonden; die van Rome, Pisa en Lombardijen lieten de aan Zijne Heiligheid over en de 4 Grootprioraten van Spanje zonden niets in. Onder deze omstandigheden koos Pius VII op 16 september 1802 de Baljuw Ruspoli, kandidaat van het Romeinse prioraat, die de benoeming weigerde te aanvaarden. Daarop koos de Heilige Vader op 9 februari 1803 de Baljuw Tommasi, kandidaat van de Russische prioraten, die lid was geweest van de Soevereine Raad ten tijde van de val van Malta. Bij de keuze van Ruspoli had de Paus bovendien de abdicatie van Von Hompesch gesanctioneerd, daarmede 2 van de 3 eisen van de Tsaar ingewilligd; aan de laatste zou evenwel nimmer door de Heilige Stoel worden voldaan. De Tsaar liet het erbij en de nuntius werd in Rusland toegelaten, maar Alexander vergaf het niet, zijn belangstelling voor de Orde smolt weg als sneeuw voor de zon en weldra begon hij te voelen voor haar verwijdering uit zijn Rijk.

De Soevereine Raad trok de consequenties van het verlangen tot terugkeer naar legaliteit: hij ontbond zichzelf half april 1803 en zond hert archief en de regalia van de Orde aan de Grootmeester die te Messina vertoefde in afwachting van de mogelijkheid tot terugkeer naar Malta. De regalia bestonden uit de kroon van de Grootmeester, het zwaard van de godsdienst en het grootzegel, alle gemaakt op bevel van Paul I. Toen duidelijk werd dat Engeland Malta niet aan de Orde zou teruggeven, proclameerde de Grootmeester Tommasi, Messina tot voorlopige zetel van de Orde; hij riep er een Generaal Kapittel bijeen dat op 27 juni 1803 zijn verkiezing door de Paus ratificeerde en ten overstaan waarvan hij zijn ambtseed aflegde: de regering van de Orde had wederom een legale statutaire vorm aangenomen.

Toch bleef een overblijfsel uit de 'Russische periode' bestaan; het niet-katholieke Grootprioraat. Uiteraard kon dir 'de jure' geen deel uitmaken van een katholieke religieuze Orde; het werd dan ook nimmer goedgekeurd doch wel 'de facto' erkend, mede uit dankbaarheid voor wat de Russische Vorsten hadden gedaan om het voortbestaan van de Orde te verzekeren. Samen met het katholieke Grootprioraat van Rusland en dat van Beieren vormde het de Beiers-Russische 'langue', welks zaken door het Grootmagistraat, sinds 1804 te Catania gevestigd, werden behandeld. De functies van Grootprior en Luitenant grootprior werden in het katholieke Grootprioraat vervuld door de Prins van Condé, die zich in Engeland had gevestigd, en Prins Adam Czartoryski; in het orthodoxe Grootprioraat door de Tsaar en Graaf Nikolaas Soltykoff. Benoeming van nieuwe ridders en commandeurs, de opvolging in de familiecommanderijen en de stichting van nieuwe, alsmede de goedkeuring van de besluiten van de twee Russische Grootprioraten behoorden tot de uitsluitende competentie van het Grootmagistraat. De toelatingen en bevorderingen van ridders die te Petersburg hadden plaatsgevonden tussen 1798 en 1803 werden aanvaard.

Ook de financiën van de Russische Grootprioraten vielen onder de competentie van het Grootmagistraat. In de loop van 1803 ontving Grootmeester Tommasi van de zaakgelastigde van de Orde te Petersburg, De Maisonneuve, een overzicht van de situatie. Een bedrag van 500.000 roebel was tegen 5% uitgezet in een openbare kas, waarin men nog een spoor kan terugvinden van de vroegere vrijgevigheid van Paul I. Voorts beliep het jaarlijks inkomen uit de staatskas 300.000 roebel; 216.000 voor het orthodoxe en 75.000 voor het katholieke, dat bovendien nog 9.000 roebel ontving voor het onderhoud van de St. Janskerk en het prioraathuis. Dat zag er op het eerste gezicht verheugend uit, doch de Russische regering was in het geheel niet van zins dergelijke aanzienlijke sommen naar het buitenland te laten overmaken en voelde er begrijpelijkerwijs niets voor Rusland ook nu nog voor de grillen van de Tsaar te laten betalen. Sommigen van hen wilden althans het orthodoxe Grootprioraat zelfs meteen opheffen. Zover kwam het vooralsnog niet, maar de geldovermakingen naar de schatkist van de Orde hebben ook niet plaatsgevonden.

Grootmeester Tommasi overleed te Catania op 13 juni 1805 en de Soevereine Raad koos eenstemmig Baljuw Guevara-Suardo tot Luitenant-Grootmeester. De daarop volgende verkiezing door het Generaal Kapittel van een kandidaat voor het Grootmeesterschap vond wel plaats, doch Franse politieke druk bereikte dat Pius VII de verkiezing niet ratificeerde, doch op 21 oktober 1805 Guevara-Suardo in zijn functie bevestigde. Hier begint de periode waarin de Orde bestuurd werd door de Soevereine Raad en 7 elkaar opvolgende Luitenant-Grootmeesters, totdat in mei 1879 eindelijk een nieuwe Grootmeester is opgetreden.

Het nieuwe Hoofd van de Orde werd door alle Grootprioraten erkend, ook door het Russische, en voerde het bewind van 1805 tot 1814.Hij heeft met grote moeilijkheden te kampen gehad. De eerste vier jaren was hij het mikpunt van de intriges van de kandidaat-Grootmeester, die zich niet bij de pauselijke beslissing wenste neer te leggen. Voorts gingen tijdens zijn bewind en later steeds meer goederen en Prioraten voor de Orde verloren. In 1792 waren reeds de zes Franse Grootprioraten door de revolutionaire regering geconfisceerd; in 1802 volgde het verlies van de vier Grootprioraten van Spanje, die de Kroon daar te lande aan zich trok. In 1806 werden de Grootprioraten van Venetië, Lombardijen, en Duitsland opgeheven; in 1808 die van Beieren, Rome, Barletta en Capua; in 1825 dat van Messina en in 1834 dat van Portugal. Het enige dat zonder onderbreking is blijven bestaan is dat van Bohemen. Na de Napoleontische tijd zien wij een herstel intreden. In 1816 werd het Grootprioraat van Rome weer ingesteld; in 1839 geschiedde hetzelfde met Venetië en Lombardijen doch deze werden tot één gecombineerd. Eveneens werden in 1839 Barletta, Capua en Messina hersteld tot één: het Grootprioraat van Napels en Sicilië. De opheffing van de Russische Grootprioraten is in twee fasen geschied. Een persoonlijk decreet van Tsaar Alexander I van begin 1910 maakte een einde aan de zelfstandigheid van de financiën: alle middelen vervielen aan de schatkist, die ook de kosten overnam en de inkomsten inde; ook het prioraathuis verviel aan de fiscus. Alleen de familiecommanderijen werden met rust gelaten. In april 1811 werden evenwel ook deze opgeheven; de commandeurs konden kiezen tussen het storten van de getaxeerde waarde van hun commanderijen in de staatskas, waarna zij eigenaar werden, ofwel zij moesten de inkomsten die zij uit hun commanderij verkregen aan de fiscus opgeven, die daarmede de lopende kosten dekte.

Deze onteigening in twee stappen van de twee Grootprioraten bracht het feitelijk einde van hun bestaan. De mislukking van de Maltezer politiek van Tsaar Paul I had aan zijn opvolger Tsaar Alexander I, elke belangstelling voor de Orde ontnomen. Bovendien had hij de Paus er niet tot kunnen krijgen de besluiten te erkennen van Paul I de Orde betreffende. Toen in 1803 de zetel van de Orde niet langer in Petersburg gevestigd bleef, had de regering er zorg voor gedragen dat geen geld het land zou verlaten ten behoeve van de Orde, zoals wij boven zagen. Thans was het ogenblik aangebroken een feitelijk einde te maken aan het bestaan van de Grootprioraten van de Orde op Russisch gebied. Dit laatste was duidelijk de bedoeling van Alexander I, getuige een later officieel regeringsdocument uit 1817, waarin wordt verklaard dat - reeds sinds zeven jaar - geen Prioraat meer bestaat in Rusland. Dat dit laatste niet reeds in 1810 of 1811 duidelijk werd gesteld vindt zijn verklaring in de genegenheid die Alexander voor Graaf Soltykoff, die in 1816 overleed. In september 1810 bereikte het bericht van de onteigening Catania. Onmiddellijk scheef Guevara-Suardo aan de Maisonneuve en Soltykoff om hun interventie bij de Tsaar te bewerken. De verbindingen waren gezien de Napoleontische oorlogstoestanden evenwel zo slecht, dat de brieven tussen Catania en Petersburg er een jaar of langer over deden. Blijkens de tekst van de interventie van Guevara-Suardo in de vergadering van de Soevereine Raad van 5 mei 1813 wist men te Catania toen nog niets van de draagwijdte van de Tsaristische maatregelen, die immers ook het katholieke Grootprioraat tot nul hadden gereduceerd. De later binnengekomen brieven van Maisonneuve geschreven in de loop van 1812 - de laatste is van 12 december - onthulden de tragedie ten volle: zelfs geen kamer was hun gelaten; van alles wat hij in het prioraathuis aan bezittingen van de Orde in bewaring had kon hij slechts twaalf koffers met archiefmateriaal in veiligheid brengen. Begin 1813 overleed hij. De Orde heeft zich tenslotte bij de gang der gebeurtenissen neergelegd. In 1814 legde zij een overzicht van haar toenmalige bezittingen voor aan het Wener Congres; de Russische Grootprioraten komen daar niet in voor. Na 1810 werden alle Russen, katholieken zowel als niet-katholieken, die door het Grootmagistraat tot de Orde werden toegelaten, benoemd als ereridders met het devotiekruis, derhalve buiten de prioraatstructuur. Zo riep Prins Gagarin (!) in 1814 de tussenkomst in van de opvolger van de Maisonneuve om het kruis te ontvangen "omdat geen commanderijen meer gesticht konden worden". Hij ontving het vijf maanden later. Op 31 mei 1819 werd voor de laatste maal een niet-katholieke Rus, Prins Galitzin, op deze wijze in de Orde opgenomen. De reden waarom het Grootmagistraat zo land doorging met het toelaten van Russische niet-katholieken kan wellicht gezocht worden in de hoop om na de restauratie in 1815 van het Koninkrijk Polen, onder de Russische Tsaar als Koning, te komen tot herstel van het oude Poolse Grootprioraat, de voorganger van het katholieke Russische. Tot eind 1818 had de Luitenant-Grootmeester Di Giovanni, die op 26 april 1814 Guevara-Suardo was opgevolgd, goede hoop ter zake. Er is evenwel niets van gekomen en sinds die tijd werd de oude discipline weer in acht genomen; uitzonderingen zijn bijna uitsluitend gemaakt ten behoeve van niet-katholieke vorsten en hun familieleden.